В лаборатории санитарно-бактериологических исследований Департамента проводится исследование за микробиологическими показателями безопасности пищевых продуктов, питьевой воды, а также проводят контроль за объектами окружающей среды (смывы, хирургические материалы на стерильность, контроль воздушной среды в организациях здравоохранения и т.д.).
В лаборатории работают 3 врача и 3 лаборанта.
Лаборатория санитарно-бактериологических исследований аккредитована по ГОСТ ISO/IEC 17025-2019, аттестат аккредитации KG 417/КЦА.ИЛ.051.
В лаборатории внедрена и функционирует система менеджмента, обеспечивающая достоверность, объективность и точность результатов исследований. Это подтверждается ежегодным участием лаборатории в сравнительных испытаниях (МСИ) и в программах проверки квалификации тестирования (ППК) у ведущих Провайдеров: FAPAS, ФБУЗ Роспотребнадзора по показателям безопасности пищевых продуктов, питьевой воды, окружающей среды, а также положительные результаты инспекционного контроля со стороны Кыргызского центра аккредитации.